Oblast centrální Šumavy v okolí řeky Vydry a Otavy je geomorfologicky tvořena Kvildskými pláněmi (Modravské slatě a horní Povydří jsou někdy nazývány Modravské pláně), Svojšeckou hornatinou a částečně zasahujícími Kochánovskými pláněmi. Z jihu je oblast lemována hraničním pásem vrcholů - Poledník, Roklan, Blatný vrch, Luzný, Mokrůvky.  Nad údolím Otavy a Vydry se vypínají Antýgl, Zhůří, Spálený vrch a Křemelná. Geologické složení je založeno převážně na přeměných horninách rul s místním prostupem vyvřelin. Údolní partie jsou vyplněny štěrkopískovými náplavy. V horních lokalitách s omezenou odtokovou možností jsou vytvořeny podmínky pro vznik rašelinišť - vrchovišť.
Drsné klima, výkyvy teplot a vlhkosti, vítr, vodní působení, dočasné zalednění a další vlivy zanechaly otisky v krajině. Z těch výrazných nelze nezmínit "bludné balvany", mrazové sruby a skalní hradby, kamenná moře, skalní mísy, obří hrnce, sedimentové terasy, jezera  a jejich okolí.
Hřeben Šumavy tvoří překážku jihozápadním oceánským větrům. Vlhký, nasycený vzduch se  při stoupání ochlazuje a vodní pára kondenzuje. Vrcholové partie Šumavy patří proto k nejvlhčím místům České republiky (Březník - srážkový roční úhrn 1500mm). Srážky jsou velmi rovnoměrně rozloženy mezi zimní a letní období, což výrazně ovlivňuje celkový klimat.
Páteří vodní sítě je řeka Vydra, na Čeňkově Pile po soutoku s Křemelnou vzniká Otava. Přítoky - Losenice, potoky Hamerský, Hrádecký, Roklanský a Modravský odvodňují rozsáhlou prameništní oblast. Vody díky geologickému podloží obsahují minimální množství rozpuštených nerostných látek, vyšší zastoupení má pouze organická složka vyplavovaná z rašelinišť. Neúživné vody proto výrazně omezují i druhovou rozmanitost vodní fauny a flory.
Většina území je pokryta lesy, které jsou rozrušeny ostrůvky bezlesí tvořeného přirozenými bezlesými partiemimi, loukami, bývalými pastvinami a okolím lidských sídel. Současný, převážně smrkový, les zde nebyl odnepaměti. Původní les byl smíšený se zastoupením smrku, jedle, javoru, buku a dalších dřevin. Člověk při své kolonizaci využíval surovin, které zde našel. Tvrdé dřevo listnáčů pro topení ve sklárnách, měkčí jehličnany pro stavby a výrobu potaše (suroviny sklářeské výroby). Odlesňování napomáhala i lesní pastva. Rozpad lesních společenstev urychlila vichřice a následný "broučkový" příval.
K zalesňování se přistupovalo nedůsledně, hlavním motorem byla vidina zisku. Proto se zalesňovalo převážně smrkem, navíc s nevhodnou genetickou výbavou. Takto založené lesy neskýtají záruku stability a v současnosti se rozpadají. Národní park se proto snaží poučit z minulosti a přetváří ohrožené porosty na les, který bude smíšený a schopnější samostatné stabilní existence.
Mozaika lesů a bezlesí v souvislosti s chudým podložím a nízkou kolonizací člověkem vytvořila specifické podmínky pro výskyt řady vzácných druhů rostlin i živočichů.

Živočišstvo

Zápředník (Clubiona norvegica)
- je reliktní severskou formou, výskyt je plošně omezen, zajímavým a cenným stanovištěm z hlediska biologické rozmanitosti území jsou přirozené balvanité sutě. Ty vytváří pro pavouky zápředníky specifické mikroklimatické podmínky.

Perleťovec mokřadní (Proclossiana eunomia)
- typický druh šumavských rašelinných luk, housenky tohoto motýla výrazně preferují rdesno hadí kořen. Kuklí se v květnu. Zahlédnout je můžeme nejčastěji v období od června do poloviny července.

Pstruh obecný (Salmo trutta)
- oživuje horní toky Šumavy. Patří mezi anadromní formy , které část života žijí ve sladké vodě řek a část v moři. Mladí jedinci po vylíhnutí  z jiker žijí 2 – 3 roky ve sladkovodním prostředí řek a po té splavávají do do moře, kde pohlavně dospívají, po té táhnou zpět.

Čolek horský (Triturus alpestris)
- vyskytuje se na vhodných lokalitách v území horských poloh do nejvyšších nadmořských výšek na Šumavě. Svým výskytem indikuje nenarušené nebo málo narušené lesní ekosystémy. Živí se živočišnou potravou, pavouky, plži, vodními larvami hmyzu; dokáže ulovit i pulce.

Zmije obecná (Vipera berus)
- náš jediný jedovatý had, typický představitel horských a podhorských ekosystémů, ve kterých plní důležitou úlohu predátora drobných savců. Pro svůj jed je cennou surovinou pro farmakologii – sběr se však v našich podmínkách neprovádí.

Puštík bělavý (Strix uralensis)
- vysazený druh, puštík je stálý pták, který je věrný svým hnízdištím. Během rozptylu mladých jedinců a v zimním období jsou známy delší potulky v okolí. Tok probíhá v únoru, samec se ozývá hlubokým houkáním, prudce vyráženým, které z dálky upomíná na hluboký štěkot psa., hlas samice je chraplavý skřek.

Rys ostrovid (Lynx lynx)
- díky reintrodukci na Šumavě v 70. a 80. letech 20. století se vrátila do lesů původní šelma, rozmnožuje se hlavně v horských a klidných oblastech. Žije samotářsky, jen v době páření se zdržuje se samicí. Aktivní je nejvíce za soumraku, během dne pak odpočívá ve skalních úkrytech nebo houštinách. Na Šumavě je několik rysů v rámci záchranného programu sledováno pomocí vysílačky.

Rostlinstvo:

• Lýkovec – celý keř je prudce jedovatý, růžově fialové květy se objevují na holých větévkách již ke konci zimy, v jarním lese na sebe upozorní omamující vůní. Podzimní lýkovec je ozdoben červenými bobulemi, které lákají dětí ke sběru – POZOR!
• Plicník – léčivá rostlina na choroby cest dýchacích, brzy na jaře kvetoucí rostlina má různobarevné květy – barva kolísá od tmavě modré po světle růžovou. Odstín závisí na chemické reakci na prostředí.
• Kopytník – spíše v nižších polohách ve smíšených lesích, název dle tvaru listu – tmavě zelený, lesklý ve tvaru koňského kopyta. Květ vyrůstá přímo z kořene, hnědavou barvou i vůní připomíná dřevo.
• Vstavače – české orchideje – nepřeberné množství druhů, které dělí výrazné rozdíly nebo jen drobné změny v květu. Nejrozšířenější skupinou jsou prstnatce (daktylorhizza), jejichž název je odvozen od kořene připomínajícího lidský prst. Květy vstavačů napodobují těla hmyzu, který zmaten přilétá a opyluje rostliny. Květ je zmenšeninou tropických orchidejí prodávaných v květinářství.
• Vemeník – název odvozen opět od tvaru hlízky, která je pro svou vůni vyhledávána divokými prasaty. Kvetoucí vemeník je vcelku nenápadná rostlinka, upoutá svou výjimečnou vůní.
• Devětsil – léčivá rostlinka – při nachlazení dodává sílu – začíná kvést ihned po odtání sněhu v podmáčeném okolí potoků a řek. Nenápadné, hlávce podobné květenství, vystřídají v létě obrovité listy na dlouhých stoncích – dětské deštníky.
• Dřípatka – název rostlinky převzala ekologická organizace, modrý roztřepený kvítek vyrůstá brzy na jaře, rozvíjí se mnohem později.
• Jernice – léčivá zahradní květina byla oblíbená především u původních obyvatel Šumavy, lidový název „německá kytka“.
• Oměj – vysoká výrazná rostlina okolí horských potoků a luk, tmavě modrý květ připomíná lodičku, celá rostlina je prudce jedovatá, alkaloidy se používají v lékařství, proslul již ve starém Římě jako travičský jed, u nás znám z Maryšy jako „kafe od Žida“.
• Prvosenka (petrklíč) – rostlina otevírá zimní bránu jaru, oblíbená léčivka, seno s přiměsí prvosenky krásně voní.
• Blatouch – lidový název „bahňáček“ symbolizuje jeho stanoviště, nerozvinutá poupata blatouchu se používala jako náhražka kapar.
• Upolín – lidové názvy „knedlík, žlutá růže, boubelka“ popisují květ složený z mnoha plátků, upolín vznikl z kupadlo – koupání, kdy se používal ve zkrášlovací lázni pro dívky, jedovatý.
• Měsíčnice – vysoká rostlina s bledě modrým květem roste v údolních nivách, vzdáleně připomíná zahradní floksy. Název odvozen od plodu, měchýřku, podobného měsíci v úplňku, Používá se do suchých vazeb.
• Děhel (andělika) – vysoká, výrazná rostlina řídkých lesů a podmáčených stanovišť byla oblíbenou léčivkou (andělskou rostlinou). Aromatický kořen je nedílnou součástí lihovin – ginu. Velmi snadno zaměnitelná s ostatními jedovatými zástupci okoličnatých.
• Pryskyřník – nejrozšířenější rostlina luk brzkého léta, žlutý květ upozorňuje dobytek, aby se mu vyhýbal. Název odráží jeho použití k otevírání a vytahování puchýřů a nežitů (pryskýřů).
• Lupina (vlčí bob) – rostlina s výrazným hroznem modrých květů byla uměle vyseta jako pícnina pro lesní zvěř, na kořenem vyrůstají hlízky s bakteriemi, schopnými vázat vzdušný dusík – zelené hnojení. Zahradní kultivary se vyznačují nepřebernou škálou barev květů.
• Mléčivec – vysoká rostlina vázaná na vlhké a zastíněné plochy, nejlépe pod příkrovem starších smrčin, z poraněné rostliny vytéká mléčná šťáva, roste i v okolí silnic, dobře snáší posyp škvárou ani solí.
• Všivec – rostlina zrašeliněnlých luk, bývalých průseků železné opony, barva květu přechází od temně fialové po světle růžovou, název vystihuje jeho odpudivý vzhled.
• Tis – jehličnatý stálezelený strom, celá dřevina je prudce jedovatá s výjimkou růžového obalu semene, který je naopak jedlý a sladký (NEZKOUŠET!), původní, dříve velmi rozšířená dřevina Šumavy (místní názvy Tisová, Tisový potok apod.) se pro vynikající vlastnosti dřeva (pružnost a pevnost) používala na výrobu luků.
• Jalovec – stálezelený keř s ostrými jehlicemi, vyhledává sušší prstředí, rozšířen zejména na bývalých pastevních areálech, v současnosti na ústupu – přerůstá vyššími stromy, vybrané lokality výskytu jsou chráněny a udržují se na nich podmínky vhodné pro jalovec (přepásání a kácení vzrostlých stromů), plody – jalovčinky se používají v lékařství, kuchyni i likérnictví (gin, borovička), jalovec je velmi citlivý při přesazování na změny  v orientaci ve světových stranách.
• Klikva – nevýrazná, plazivá rostlinka slatí a silně podmáčených lokalit, dobře zřetelná v době květu, květ je zmenšeninou květu bramboříku, plody – velké červené bobule – mnohdy vytrvají na rostlině až do jarního období, jsou oblíbenou přílohou k jídlům jako náhražka brusinek, zároveň je vyhledávájí i tetřevovití.
• Vlochyně – drobný keřík vyhledávající kyselejší vlhké půdy, podobný borůvčí, plody jsou zaměnitelné s borůvkami, odlišují se od nich bezbarvým vnitřkem, lidový název „opilka“ odráží mírně halucinogenní účinky bobulí, přidává se do různých lidových nápojů pro „šmrnc“.
• Zimolez – keř smíšených lesů, různotvaré a různobarevné plody lákají ptáky, vyšlechtěné kultivary s výraznými květy jsou používány jako živé ploty.
• Bez černý – keř mnohostranného využití, nesměl chybět u žádného domu na Šumavě, léčivé účinky květu i bobulí, květ se používal v trojobalu jako součást jídelníčku (kosmatice), bobule jsou podstanou složkou stravy ptáků, používány i jako součást lihových  nápojů.
• Bez hroznatý – červený bez s oblibou vyhledává osluněné kraje pastvin, rumiště, jeho bobule mají vysoký obsah vitaminu C, součást nápojů a marmelád.
• Bříza zakrslá – specifická dřevina extrémních stanovišť, nejmenší bříza, spíše plazivý kmínek, odlišný tvar listů, stanoviště – slatě.
• Udatna – rostlina vysokého vzrůstu, smrkové porosty, obrovské nepřehlédnutelné bílé chomáče malých kvítků vydávají omamnou vůni.
• Kleč – dřevina slatí, vyhovuje kyselá půda, kmeny vytvářejí bizarní tvary, které v neprostupných houštinách podněcují fantazii pozorovatele.
• Náprstník – vyšší rostlina velmi výrazných květů – tvaru náprstků, barva květu se liší dle druhů od bílé přes žlutou až po temně rudou, součást podpůrných léků na srdeční choroby.
• Ostřice – tuřice – (carex brizoides) rozsáhlé pokryvné porosty na podmáčených loukách se při vánku vlní jako mořská hladina, ristlina se dříve používala jako vycpávkový materiál (čalounická tráva).
• Suchopýr – tráva podmáčených stanovišť původem ze Sibiře, její květ vypadá jako chomáček vaty.
• Podbílek – „mimozemská“ rostlinka smíšených lesů či bučin nemá listy ani zelené rostlinné barvivo (chlorofyl), celá rostlinka má proto nahnědlou barvu
  Plavuň – „mech“, který není mechem, nízká rostlinka s drobounkými lístky vytváří celé plochy v zastíněných prostech, výtrusy pro své antiseptické vlastnosti používají jako součást pudrů a mastí.
• Mateřídouška – rozšířená rostlinka osluněných strání je oblíbenou léčivkou. Pro obsah aromatických látek se používala jako náplň polštářů „dobrý spánek“.
• Pupava – bodlák, který ztratil stonek, na sebe upozorňuje velikým květenstvím na teplých stráních, krajích luk a cest. Rostlina byla oblíbená v klášterních zahradách jako léčivka, sušená používána do suchých vazeb. Úbory (bílé lístky květu) reagují na vzdušnou vlhkost – zavírají se.
• Netýkavka – dětem známí „bouchající červíci“ jsou lusky, které se při zralosti smrští a vystřelují semena do okolí. Žlutý květ netýkavky je při bližším pohledu velmi zajímavě stavěný, připomíná obrovské válečné trubky římských vojsk. Příbuzná netýkavka žláznatá kvete červeně, je mnohem vyššího vzrůstu. I přes svůj indický původ se velmi rozšířila a nyní zamořuje údolní nivy.
• Kamzičník – zplanělá forma dovezené okrasné rostliny se odlišuje od svého předka – je vyšší, kvete později a jeho listy jsou matné – postupně osidluje okolí potoků proti proudu. Velký květ se žlutými lístky rozveseluje jinak tmavá údolí.
• Lilie – erbovní rostlina francouzských králů se vyskytuje ve dvou druzích – Cibulkonosná – s velikým ohnivým kalichem květu se rozmnožuje nejen semeny, ale i drobnými cibulkami, které se vytvářejí v paždí listů a – zlatohlavá – s velmi tuhými květy měděno-zlatavé barvy na vysokém stonku. Obě rostliny vyrůstají z cibulí, které jsou velmi citlivé na poškození – uhnívají.
• Hořec – dříve velmi rozšířená rotlina s uchvacující fialově-modrou barvou květů se vyskytoval na hroských loukách. Dobytek se mu pro vysoký obsah hořkých látek vyhýbá, člověk naopak vyhledává. Hořec je nedílnou součástí žaludečních likérů, pytel naplněný senem s příměsí hořců, petrklíčů, vstavačů a pryskyřníků se po zahřátí používal jako zábal proti revmatismu. Nadměrný sběr byl příčinou jeho vymizení.
  Arnika – chráněná rostlina prosluněných horských luk má velmi mělký kořen. Proto docházelo při rozšířeném sběru k jeho poškozování. Arnika se používala jako všelék ve formě výluhů, tinktur či zábalů.
• Jestřábník – množství druhů vytváří porosty v loukách s výraznými barvami květů od světle žluté po tmavě oranžovou.
• Tučnice – „masožravá“ rostlina pro doplnění chybějících dusíkatých látek ve výživě využívá i tělíčka hmyzu. Při „lovu“ je aktivní – hmyz podráždí lepkavé listy, ty se zabalí a hmyz je stráven. Rostlina je velmi citlivá na změny prostředí, nesnese konkurenci jiných rostlin. Proto se často vyskytuje na porušených stěnách příkopů či na bývalých signálních průsecích. Modrý květ na dlouhém stonku vyrůstá z přízemní růžice světlezelených listů.
• Rosnatka – druhý zástupce našich masožravek roste na krajích zamokřených částí slatí. Na okrouhlých lístcích má červenkavé žláznaté chlupy, které vylučují kapičky tekutiny s obsahem enzymu na trávení hmyzích bílkovin. Po dosednutí hmyzu se chlupy skloní a obalí tělíčko tekutinou a začne trávení. Nevýrazný květ rosnatky se vyvijí relativně brzy, rozkvétá však až v pozdním létě. Rosnatka se dříve sbírala jako součást léků proti kašli.
• Kropenáč – hořcovitá rostlina, která se vyskytuje jen Šumavě a omezeně v Krkonoších. Na modrohnědě zabarveném stonku jsou stejnobarevné, nevýrazné květy. Při bližším pohledu však učarují svou čistou pravidelností hvězdy a kropenatou výzdobou.
  Bolševník – z Kavkazu zavlečená dekorativní rostlina se velmi dobře zvykla na naše podnebí a ukazuje svou rozpínavost. Rostlinné šťávy obsahují jedovaté dráždivé látky, které spalují a leptají kůži. Svými účinky jsou přirovnávány k bojové látce Yperit.
• Šťavel – Lidové názvy „zaječí zelí, kyslička“ odrážejí vlastnost lístků.  Hajní rostlina – trojlístek s bílým kvítkem se v mírné míře používal k ochucení jídel, salátů. Rostlina při otřesech půdy či dešti svěsí lístky ke stonku (seismonastický pohyb). Důvodem může být ochrana křehkých lístků před poškozením. Rostlinku si Irové vybrali jako svůj národní symbol.
• Kosatec – rostlina vyžaduje neobhospodařované podmáčené louky, je velmi citlivá na sůl a kosení. Vytváří trsy listů s vysokými stonky květů. Modrofialový květ je protkán bílými žilkami a ozdoben žlutým hřebínkem prašníků.
• Křídlatka – okrasná rostlina z dálného východu se rozšířila ze zámeckých parků. „Nepravý bambus“ vytlačí všechny své konkurenty z okolí a postupně zabírá větší a větší plochu. U lidských sídel poškozuje zdivo a zdvíhá pokrytí cest.